1867（慶応3）年6月15日、新選組は屯所を西本願寺から移転させ、不動堂村を本拠地とした。屯所の広さは大名屋敷と比べても遜色ないほど立派だったとされるが、この年の12月14日に伏見奉行所へ引き払ったため、結局のところ使われたのは約半年のあいだだけだった。現在のリーガロイヤルホテル京都の正面玄関脇に石碑が立てられている。