当時の門はもう少し東よりにあった

門の扉にはいまも弾痕が残る

1864（元治元）年7月19日、長州藩の約3000名の藩士が上洛し、御所を守る薩摩藩・会津藩など幕府軍と激戦になった。蛤御門付近が一番の激戦地だったため、のちに「蛤御門の変」と称される。長州軍の敗北で戦いは終わったが、これで上がった火の手は3日3晩燃えつづけ、京都市街地の約半分が焼失してしまうことに。蛤御門には現在も、そのときの戦いによる銃の弾痕が残っている。